琼脂糖凝胶是依靠糖链之间的次级链如氢键来维持网状结构，网状结构的疏密依靠琼脂糖的浓度。

一般情况下，它的结构是稳定的，可以在许多条件下使用（如水，pH4-9范围内的盐溶液）。

琼脂糖凝胶在40℃以上开始融化，也不能高压消毒，可用化学灭菌活处理。

琼脂糖 Agarose，缩写为AG，是琼脂中不带电荷的中性组成成份，也译为琼胶素或琼胶糖。琼胶糖化学结构由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基单位构成。

琼脂糖溶于热水，冷却制成的凝胶，制成的小颗粒用于凝胶过滤,适于用sephadex不能分级分离的大分子的凝胶过滤，若使用5%以下浓度的凝胶，也能够分级分离细胞颗粒、病毒等。

利用其吸附性小的特点，有时用它代替琼脂以作为免疫电泳或凝胶内沉降反应的支持物。